Program Studi Manajemen Sumber Daya Perairan mempelajari tentang perencanaan, pemanfaatan, dan pengelolaan sumber daya perairan. Mata kuliah yang disajikan berkaitan dengan aspek biologi ikan, ekologi perairan, hukum-hukum kelautan dan perikanan, aspek sosial dan ekonomi masyarakat pesisir, konservasi dan rehabilitasi, pengendalian pencemaran, serta pengendalian stok ikan di perairan. Dengan kata lain, mahasiswa akan mempelajari segala hal yang berkaitan dengan sumber daya perairan. Misalnya seperti laut, lingkungan sekitarnya, hukum-hukum yang berkaitan, dan juga sosial masyarakatnya. Dari segi ekonomi, jurusan ini akan mempelajari tentang manajemen strategi tentang bagaimana cara memasarkan sumber daya perairan tersebut. Materi kuliah yang diberikan bertujuan agar sumberdaya ikan dapat dimanfaatkan secara optimal dan berkelanjutan dengan tetap memperhatikan kesehatan ekosistem perairan. Gelar yang diberikan S.Pi. (Sarjana Perikanan)